L'église, dévastée en (1562) par les Huguenots, souffre des guerres de religion. Elle subit une restauration et une finition sommaire au (XVIIème siècle), puis une nouvelle restauration plus générale des monuments entre (1842) et (1868). Le tombeau de St Gilles ne sera redécouvert qu'en (1865). Le pèlerinage, quant à lui, ne reprendra que plus tardivement, en (1965). Depuis (1998), la façade de l'Abbatiale est inscrite au "Patrimoine Mondial de l'UNESCO", au titre d'étape sur les "Chemins Français" de St Jacques de Compostelle. L'Abbatiale fait l'objet d'un classement au titre des "Monuments Historiques depuis (1840)".

- la Façade

A l'instar d'autres édifices religieux Romans, la façade de l'abbaye de St Gilles peut être considérée comme un véritable "livre de pierre" : à destination des fidèles, souvent illettrés à l'époque de son édification. Réalisée par les moines de l’abbaye entre (1120) et (1160), 40 ans de travaux à elle seule, la façade demeure un chef d’oeuvre reconnu d’art Roman Provençal et ce malgré ses nombreuses détériorations. Les sculptures de la façade subirent dans leur réalisation une double influence, une influence Antique dûe à la présence de nombreux vestiges Romains, mais aussi une influence "anti hérétique" contre la doctrine prêchée par Pierre de Bruys. Plusieurs artistes y travaillèrent, dont le fameux Brunus qui signa les statues de St Matthieu et de St Barthélémy. Elle peut être vue comme un manifeste des points essentiels de la doctrine Catholique contre les thèses défendues par les prédicateurs Cathares :

* Partie inférieure :, les 12 Apôtres témoins de l'enseignement et de la Passion du Christ qui sont les piliers de l'Eglise. Ils sont entourés par les archanges, défenseurs de l'Eglise. Bestiaire, nombreuses scènes de l’Ancien testament.

* Registre médian : statues et personnages du Nouveau Testament.
* Frise : scènes inspirées du Nouveau Testament, lavement des pieds du Christ.
* Tympans :, chacun d'entre eux retrace une étape majeure de la vie du Christ, le tympan central avec le Christ en Tétramorphe, adoration des mages, crucifixion, majesté.
* Eléments architecturaux : les décorations sont quant à elles inspirées de l’art antique, chapiteaux Corinthiens, soubassement cannelé, oves et centaures.
* Frise supérieure : bande sculptée du récit de la Passion du Christ, de son entrée dans Jérusalem jusqu'à sa Résurrection.

- Les tympans des portails :

* Gauche : avec l'Adoration des Mages, l'Incarnation.
* Droite : avec la Crucifixion, la Rédemption.
* Centre : le Retour glorieux du Christ.

- Sculpteurs :

* Brunus : réalise les statues des apôtres "Matthieu, Barthélemy, Paul, Jean, Jacques le Majeur". Il en signe 2 "Brunus me fecit"
* le Maître : de St Thomas auquel on attribue les statues des apôtres "Thomas, Jacques le Mineur et Pierre", ainsi que les bas reliefs de la porte centrale, Offrande d'Abel et Caïn, Meurtre d'Abel,
* le Soft master : le maître aux drapés souples, ou maître de l'Adoration des Mages auquel on attribue le tympan du portail de gauche et 2 apôtres,
* le Hard master : ou maître de la Crucifixion, auquel on attribue le tympan du portail de droite et son linteau,
* le Maître de St Michel : qui a réalisé la statue de St Michel terrassant le dragon ainsi que la frise supérieure et le tympan de la porte centrale.
* la façade : de l'abbaye de St Gilles montre l'influence de l'art Antique et Paléochrétien sur la sculpture Romane du Languedoc.

- La complexité cette façade réside essentiellement dans la multiplicité de ses inspirations, Romane, Antique, Orientale.

- la Crypte

La fondation de la crypte, ou église basse, et du tombeau de St Gilles remonte au début du (IIème millénaire). On estime que ce lieu représentait à l'époque, en terme d'affluence, le 4ème lieu de pèlerinage de la Chrétienté après Rome, Jérusalem et St Jacques de Compostelle. Des pèlerins du monde entier convergaient alors autour du tombeau pour commémorer la vie de l’ermite. Du point de vue de sa conception, la crypte mesure 50 mètres de long par 25 mètres de large à son extrémité Ouest, correspondant aux 2 travées restantes du collatéral Nord. Elle est divisée, comme une église classique, en 3 nefs de 6 travées chacune, excepté, donc, pour le collatéral Nord, comblé partiellement afin de soutenir l’église haute. La travée centrale est la plus riche d’un point de vue architectural, revêtement cannelé, arcs diagonaux avec rubans plissés et clé de voûte ornée d’un Christ souriant et bénissant. La confession, quant à elle, ne fut dégagé qu’au (XIXème siècle) lorsque l’on redécouvrit par la même le tombeau du Saint. Ce fut l’abbé Goubier qui, en (1865), y déchiffra du latin l’inscription suivante : "Dans ce tombeau repose le corps du bienheureux Gilles".

- l'Eglise haute

Elle sera plus vaste, de 98 mètres de long, large de 25 mètres, avec un déambulatoire et 3 nefs. La nef centrale, qui s'élevait à 26 mètres, arrivait jusqu'au choeur semi circulaire et les nefs latérales aboutissaient à un déambulatoire flanqué de 5 chapelles rayonnantes et 2 chapelles latérales orientées.

La partie haute de l'abbaye a énormément souffert des démolitions, Protestantes comme Révolutionnaires. Les seuls éléments originaux demeurant du (XIIème siècle) sont les piliers Corinthiens. Les voûtes sur croisées d’ogive datent elles de la grande restauration du (XVIIème siècle), tout comme la plupart des tableaux ornant les collatéraux. Le tableau central, dans le choeur, représente la rencontre entre Gilles et Wamba, Doze, (1878).

- l'ancien Choeur

Les ruines de l'ancien choeur offrent une perspective saisissante de ce que fut l’Abbatiale du (XIIème siècle) au (XVIème siècle), on peut notamment observer l’épaisseur des murs d’époque ainsi que la structure des 3 nefs qui ont été brusquement tronquées. Cette impression de gigantisme s'accentue lorsque l'on sait que la longueur originale était de 98 mètres de long, contre moins de 50 mètres aujourd’hui, et large de 25 mètres, avec un déambulatoire et 3 nefs. La nef centrale, qui s'élevait à 26 mètres, arrivait jusqu'au choeur semi circulaire et les nefs latérales aboutissaient à un déambulatoire flanqué de 5 Chapelles Rayonnantes et 2 Chapelles Latérales orientées. Au centre du choeur se tient l’autel et la statue du pape Clément IV, natif de St Gilles, ajoutée tardivement. Près de la Vis demeurent un pilier Roman ainsi qu’un demi oeil de boeuf, relativement bien conservés.

- l'Escalier à vis

La célèbre Vis de St Gilles présente une oeuvre architecturale unique pour son époque. Elle se présente sous la forme d'une structure hélicoïdale, ou en Colimaçon. Ironie du sort, au (XIIème siècle), cet escalier n’était en réalité qu’un simple escalier de service, probablement utilisé par les moines afin de se rendre dans les combles de l’église et atteindre le campanile. Notons qu'il s’agit là d’une étape du "Tour de France des Compagnons tailleurs de pierre", comme peuvent en témoigner de nombreuses inscriptions, remontant pour certaines au (XVIIème siècle).