Le poète Allemand Heinrich von Kleist fut emprisonné par erreur du 5 Mars au 9 Avril (1807), l'un de ses compatriotes fut enfermé dans un 1er temps dans la cellule de Toussaint Louverture et eut des contacts avec son geôlier avant de venir le rejoindre. Ce fut de cette expérience que Kleist tira l'inspiration sa pièce Les "Fiancés de St Domingue".

Le Marquis de Rivière fut enfermé en (1814) pour ses actions contre Bonaparte. En (1812), le Cardinal Calvachini, ancien gouverneur de Rome, eut un traitement de faveur car il était théoriquement enfermé au château mais il résidait en réalité derrière la Cure de St Bénigne à Pontarlier avec son valet Volpini.

Le Général Dupont fut transféré rapidement vers l'intérieur du pays avant l'arrivée des Autrichiens en (1813). Les lieutenants de la guerre d'indépendance Espagnole furent incarcérés de (1803) à (1815). L'un d'eux écrivit un poème pour son Roi sur la porte de sa cellule. La veille de l'arrivée des Autrichiens, en (1813), les 3 à 400 prisonniers furent transférés à Salins. Le jour d'avant, 4 prisonniers étaient parvenus à se sauver à l'aide de draps noués par les latrines du château. Le dernier chuta et ses compagnons l'emmenèrent jusqu'à Oye où il mourut, les autres fuirent en Suisse.

Dès le 27 Décembre (1813), les Autrichiens assiégèrent et bombardèrent le fort, causant beaucoup de dommages matériels, mais le fort résistait toujours avec ses 100 soldats dont 60 Vétérans. Décidant de changer de tactique, le 17 Janvier (1814), ils offrirent 942 Francs au gouverneur de la place, Roubeau, qui accepta et partit avec sa troupe. En Mars (1815), profitant du désordre, 40.000 Suisses armés envahirent la contrée. Le 7 Juillet, ils s'emparèrent du fort sans combat mais durent le restituer suite aux négociations de Talleyrand lors du Congrès de Vienne.

- La retraite de Bourbaki

Le fort fut réparé et renforcé tant par l'amélioration de la 2ème et 5ème enceinte que par la construction du fort Mahler entre (1843) et (1851). Le 1er Février (1871), une fois l'armistice signé, les 100.000 hommes de l'armée de l'Est commandés par Bourbaki se firent attaquer par les 500 hommes Prussiens de Manteuffel alors qu'ils se dirigeaient vers la Suisse pour être désarmés, "Convention des Verrières". Le fort Mahler et le fort de Joux défendirent la colonne de soldats qui se dirigeait vers la Cluse de leurs canons et la bataille furent victorieuse pour les Français. Ce fut aussi la 1ère action d'envergure de la "Croix Rouge" qui soigna autant les Prussiens que les Français aux Verrières de Joux.

Après la défaite de 1871, le fort fut modernisé par le jeune Capitaine Joffre, alors officier du Génie. Il le transforma en véritable fort Séré de Rivières, avec des casemates Mougin contenant des canons de Bange de 155 mm, jugés comme les plus gros canons d'artillerie de l'époque. Mais la crise de l'obus torpille en (1885) rendit obsolète ces coûteux travaux. Le fort fit partie des fortifications de l'Est tout comme le fort Mahler qui fut également modernisé et le fort Catinat qui fut construit entre (1880) et (1883).

Entre les 2 guerres mondiales et jusqu'à la bataille de France, il est intégré à la ligne Maginot au sein du secteur fortifié du Jura pour servir de plate forme d'artillerie. En juin (1940), une colonne AllemandeBesançon vers la Cluse, le fort Mahler, le fort Catinat et celui de Joux arrêtèrent net la progression Allemande. Les combats cessèrent avec la signature de l'Armistice par Pétain le 17 Juin (1940). Les Allemands occupèrent alors les forts. Ils construisirent une casemate pour un gros canon dans le fort Mahler et laissèrent une faible garnison au fort de Joux. Après guerre, l'armée laissa juste une faction dans le fort devenu trop obsolète devant les armes modernes.

- le Temps de Paix

Si certaines personnes étaient admises à visiter le fort et même à y danser aux bals dès le (XIXème siècle), les visites officielles commencèrent en (1958), lorsque les forts de Joux et de Mahler furent vendus à "l'office de tourisme" par l'armée. En (1973) est fondé le "Festival des Nuits de Joux" par la troupe des Comédiens des "Nuits de Joux", qui deviendra le "Centre d'Animation du Haut Doubs (CAHD)", à l'initiative de Pierre Louis, metteur en scène. Le "Festival des Nuits de Joux" a notamment accompagné les débuts en théâtre de Jean Luc Lagarce ou Hervé Pierre. Depuis la fin des années (1990), la "communauté de communes du Larmont" a pris le relais dans la valorisation et la restauration du site. De plus, d'autres spectacles sont présentées tout l'été comme "jazz en Franche-Comté" ou "çà s'joue au château" avec des prêts de couvertures pour tenir chaud aux spectateurs dans ce lieu magique et fascinant. Un musée d'armes est situé à l'étage du Donjon Médiéval. Les armes présentées vont de la fin du (XVIIème siècle) au début (XXème siècle), avec près de 600 pièces "casques, baïonnnettes, sabres, cuirasses" dont certaines pièces très rares comme un fusil de (1717) ou des Oursons du 1er Empire. A voir aussi l'impressionnant escalier Joffre et le grand puits de 120 mètres de profondeur, un des plus profond d'Europe.

- Construction

Le Château de Joux est un exemple d'architecture militaire développée de façon continue du Moyen Age au (XIXème siècle). Schématiquement, la partie la plus ancienne est le Donjon Médiéval et le mur Ouest de la 3ème enceinte, qui donne du côté du Doubs. Viennent ensuite la 1ère enceinte, la Tour du fer à Cheval, le Magasin à Poudre et l'entrée de la 3ème enceinte avec son Pont Levis. Le Glacis, le chemin couvert et la 3ème et 4ème enceintes ont été reprises par Vauban avec un tracé Bastionné. La partie Ouest de la cour du Donjon, escalier gris donnant sur la Rochette, la 2ème enceinte avec sa guérite en pierre et son escalier miné à trappe amovible datent du (XIXème siècle). la 5ème enceinte et le plateau de la Rochette ont été totalement reprises par Joffre entre (1879) et (1881). Le Château et la batterie de la Rochette, datées du (XIXème siècle) ont été classés "Monument Historique" le 18 Juillet (1996), il est également labellisé "Patrimoine du XIXème siècle". La montagne sur laquelle est situé le fort se partage en 3 zones dont nous parlerons plus bas, au Nord la Rochette, au centre la Pelouse où se situe le fort et à partir du glacis, au Sud, le Géran.

- XIème au XVIème siècle

Il existait probablement un guet de bois appelé Iors par les Séquanes et Miroaltum par les Romains dès l'antiquité au niveau de la Rochette. Le château fut initialement fait de Bois. En (1039), le Donjon et une 1ère enceinte encore visible sur le côté Ouest du château, avec des tours carrées furent faites de pierre venant des carrières de Chaffoy. Vers le (XIIIème siècle), on ajouta des fortifications avec des Tours Rondes sur le plateau de la Rochette dont un escalier qui descendait jusqu'au péage. On ajouta aussi la 1ère enceinte avec la tour Mirabeau, qui tire son nom du célèbre prisonnier qu'elle a enfermé, ainsi que la tour Grammont dont la base est à bossage et le haut en tuf de Fontaine Ronde. Cette dernière tire probablement son nom d'Adrienne de Grammont qui releva le nom de Joux au (XVIème siècle). A l'origine, le sol de la ème enceinte était 1mètre,20 plus bas qu'aujourd'hui, c'était le balcon du Donjon et il fallait une échelle pour entrer dans la tour. Cela permettait de repousser aisément les assaillants.

Entre (1393) et (1405), c'est la construction de la Tour du Fer à Cheval alors appelée la Rondelle », de la 3ème enceinte et du fossé qui sont fait par les Pontissaliens avec l'argent produit par les nouvelles foires de la St Luc et de St Georges par Jean sans Peur, Duc de Bourgogne, qui voulait en faire un poste frontière. Philippe III de Bourgogne, son fils, acheta le château en (1454) suscitant la convoitise des héritiers des anciens propriétaires, les Hochberg qui s'introduisirent dans la place ce qui donna lieu à de nombreux procès dont le dernier, en (1492) à Dole, donna raison à Marguerite d'Autriche, fille de Marie de Bourgogne. Pour monter à la cour du Donjon, on empruntait un chemin en pente douce.

- XVIIème et XVIIIème siècles

Lorsque Louis XIV conquit la Franche Comté pour la 2ème fois, il voulut préserver 3 châteaux dont le château de Joux. Vauban était d'avis de le raser, et entre (1678) et (1690), il détruisit les parties Médiévales Sud. Utilisant les pierres du Géran, il construisit, avant le fossé Médiéval qu'il fit traverser par un Pont Dormant, la 4ème enceinte avec ses 2 ouvrages à Corne comprenant à l'Est une Guérite avec 2 Monogrammes aux 2 L enlacés de Louis XIV et le Soleil. Il fit creuser un fossé et bâtit la 5ème Enceinte avec un ouvrage à Corne bordé d'un fossé au Sud et à l'Ouest et d'un chemin couvert à l'Est. Il créa le Glacis au Sud du fort. C'est à cette époque que fut bâtie la Porte d'Honneur dont les motifs ont été réalisés en calcaire de Vuillecin qui a la particularité de se sculpter comme du plâtre et de durcir ensuite. On voit encore aujourd'hui la finesse et la bonne conservation de ce monument.

Les trophées d'arme de la Porte d'Honneur représentent à Gauche les "chevaux légers dauphin, cavalerie légère" et à Droite les "piquiers suisses, infanterie". En haut au "Centre étaient les Armes du Roi Soleil avec le Monogramme de 2 L entrelacés sur globe céleste ceint d’une guirlande végétale inséré dans un cartouche baroque fleurdelisé surmonté de la couronne fermée" mais tout le métal doré a été subtilisé et il ne reste que l'agrafe de la couronne et quelques petits reste des 2L. En haut de la Porte d'Honneur à Gauche est représentée la Franche Comté Espagnole avec le drapeau de la Victoire contre les Turcs par Charles Quint puis par Don Juan d'Autriche qui est un Croissant renversé sur fond Bleu, le drapeau porte les armoiries des Comtes de Salins, les armes sont celles utilisées dans l'armée Espagnole qui est la seule à posséder encore un corps d'archers, Carquois par exemple. A droite, c'est la France et ses armes modernes qui sont mises en avant, on remarque les Baïonnettes qui n'ont pas encore été normalisées à un seul modèle.

En (1690), Vauban réalisa un plan relief pour engager les travaux de la partie supérieure du château et proposa ses modifications à Louis XIV. Entre (1690) et (1693), il fit construire la 2ème enceinte, la Cour d'Honneur et les Casernements y attenant. Il fit creuser un puits de 147 mètres de profondeur qui a été réduit par la galerie de Joffre. Il fit construire les logements attenants à la tour Grammont et donnant sur la 2ème enceinte. Il fit rajouter des Canonnières sur les tours à l'Ouest, dans la cour du Donjon et sur la tour du Fer à Cheval qu'il coiffa d'un toit amovible.

Sous Louis XV, en (1717) et (1724), de nouveaux travaux sont menés, on construit des locaux pour l'artillerie dans la 4ème et la 5ème enceinte, on fait une rampe pour monter à la 2ème enceinte, on modifie l'intérieur du Donjon qui sert de logement au Gouverneur de la Place. On refortifie totalement la Rochette. A la fin du règne de Louis XV, on transforme le fort en Prison d'Etat en aménageant des cellules solidement grillagées dans la 1ère et la 2ème enceintes. Chaque cellule avait sa propre cheminée étroite et rectangulaire, pour ne pas que l'on puisse s'y glisser. En effet, on doit chauffer toute l'année et aujourd'hui il est encore conseillé de se couvrir même en plein été. La fenêtre d'une cellule fut partiellement murée afin que l'on ne puisse pas s'en échapper. Elle servait à enfermer les prisonniers mis au secret comme Toussaint Louverture ou le Marquis de Rivière.

- XIXème siècle

En (1815), les Autrichiens tirent sur le château de Joux notamment depuis le fort de la Cluse, en face du fort, et depuis Montpetot situé sur un mont au Nord-Est du fort. Ne pouvant monter que de l'artillerie légère sur les rochers de la Fauconnière et sur le Fer à Cheval, les boulets n'atteignirent jamais le château de ce côté. Cependant, les dégâts qu'ils firent furent considérables, ils détruisent toutes les fortifications de la Rochette, certaines tours, des murs. Puis, lorsqu'ils occupèrent le fort, ils vendirent les canons, récupérèrent tout le métal et jetèrent dans le grand puits les portes, les meubles et les archives. S'ensuivit une période de disette qui fait que les réparations ne commenceront qu'en (1827). La 5ème enceinte est re fortifiée, l'escalier menant de la Rochette au péage sert à construire la Tour du Diable dans un style Néogothique en (1843), la 2ème enceinte est réparée et fortifiée, on remarquera la similitude entre la guérite en pierre de la 2ème enceinte et celles du fort Mahler bâties au même moment. Un escalier miné à trappe amovible remplace la rampe initiale. Les bâtiments attenants au Donjon sont totalement modifiés.

La guerre de (1870) qui se termine aux pieds du château de Joux va faire qu'on va vouloir faire du fort un "Système Séré de Rivières" et c'est le jeune Capitaine Joseph Joffre qui s'en charge dès (1879). Il fera bâtir la Batterie de la Rochette, l'escalier à vis, la galerie menant au grand puits avec son magasin à poudre, son petit magasin sous roc, son abri sous roc, son escalier à double rampe menant à la Rochette. Il fera également construire des Casernements dans le fossé de la 5ème enceinte et reconstruira totalement la 5ème enceinte dans laquelle il installera 2 Casemates Mougins avec des plaques de fonte dure 4 plaques de 20 tonnes chacune recouvertes de terre engazonnée et qui contiendront des canons Bange de 155 mm dont 1 a été reconstitué. Un système de verrou à contrepoids permettait l'ouverture pour permettre le tir et d'énormes bouches d'aération permettaient aux gaz et poussières générés par le tir de s'évacuer rapidement. Récemment remise en état de marche, Joux possède la seule Casemate Mougin encore en état de fonctionnement. Malheureusement, aussitôt construites, ces Casemates seront Obsolètes à cause de l'invention de l'Obus Torpille en (1889). Entre les 2 guerres, le château de Joux fera partie de la ligne Maginot, au (XXème siècle) on y ajoutera l’électricité, mais peu de modifications seront apportées avant qu'on l'ouvre à la visite. Les Allemands qui l'occuperont durant la 2ème Guerre Mondiale prélèveront tout le métal pour le refondre afin de faire des armes.

On en trouve un peu partout dans le château. Les Puits de Lumière étaient des trous circulaires pratiqués au plafond qui traversaient parfois plusieurs étages. Ils servaient à éclairer mais aussi, placés au centre des allées ils permettaient d'y faire tomber les personnes non averties. Au fond du fossé de la 3ème enceinte à peu près au Centre, on trouve un système de collecte d'eau et sa citerne. On trouve des citernes dans la Cour d'Honneur. La plus ancienne, Médiévale, possède une margelle et se trouve dans la cour du Donjon. En montagne, l'approvisionnement en eau était primordial. Le grand puits au (XIXème siècle), on pensait qu'il avait été creusé par les Serfs brutalisés par Amaury et qui auraient péri nombreux. Depuis, des textes ont montré que c'est Vauban qui le fit creuser et qu'il n'y eut que 2 morts à déplorer lors de son creusement. A l'origine, il faisait 147 mètres et allait 10 mètres sous le niveau du Doubs. Il y avait une cage d'écureuil au sommet du puits pour remonter l'eau. Il existe encore une telle cage à la Citadelle de Besançon. Lorsque Joffre fit sa galerie, il raccourcit le puits qui désormais ne peut se voir que depuis la galerie souterraine. Il n'en reste pas moins impressionnant. Contrairement à ce que l'on pourrait penser, des expériences avec de la Fluorescéine ont montré que l'eau du grand puits ne se jetait pas dans le Doubs mais dans la Loue par le réseau de Fontaine Ronde qui passe sous Pontarlier.

- Légendes (Berthe de Jopux)